La decisión de la Sala de Instrucción de la Corte Suprema al conservar la competencia en el caso de Álvaro Hernán Prada abrió un enorme debate jurídico y político. El tema fue tan complejo en el interior de la Sala que tuvieron que nombrar dos conjueces. Al final la votación quedó 4-3, y todos los que lo hicieron en contra salvaron el voto. Prada, quien es investigado en el episodio de supuesta manipulación de testigos en el que se vio involucrado también Álvaro Uribe, decidió tomar la misma vía del expresidente. Renunció a su curul y por eso se anticipaba que su caso también pasaría a la justicia ordinaria. No fue así. El magistrado Reyes, investigador del caso Uribe y del de Prada, sostuvo la tesis de que el proceso tenía que quedarse en su despacho. La Corte abrió así una inédita situación de tener dos casos jurídicamente similares en dos jurisdicciones distintas. Mientras, políticamente se vuelve a hablar de un supuesto sesgo antiuribista de algunos magistrados de esa sala.