La intervención de Juan Manuel Santos en la Comisión de la Verdad generó polémica. El expresidente fue a hablar de los falsos positivos, que sucedieron en gran parte cuando era ministro de Defensa; sin embargo, no reconoció ninguna responsabilidad y sí le echó varios vainazos al expresidente Uribe. Aseguró que como él pretendía “acabar militarmente a las Farc”, “nunca quiso reconocer la existencia del conflicto armado” y la presión por bajas era muy alta. Ninguna de esas críticas las hizo cuando estaba en el cargo. La gran paradoja de esa declaración es que los éxitos de Defensa de ese Gobierno, como la operación Jaque, sí los reconoce como propios y que fue gracias a estos y a los votos del expresidente que él llegó a la Casa de Nariño. En su primer discurso aseguró que Uribe era un colombiano “genial e irrepetible”. Santos también dijo en su momento que Uribe era el mejor presidente después de Bolívar.