Sin embargo, hay otros indicios que apuntan a la posible responsabilidad de las Farc y a una decisión de ocultar el magnicidio. Piedad Córdoba declaró que ella había denunciado la autoría de ese grupo guerrillero en la muerte de Gómez Hurtado por solidaridad con Ernesto Samper. A este lo estaba investigando la Fiscalía por ese crimen y ella se dio cuenta de que las Farc habían decidido no confesarlo sin importarles lo que le pasara al expresidente. Según ella, fue su denuncia la que obligó a Lozada y a Timochenko a reconocer su participación en ese asesinato. Desde esa denuncia, los miembros del partido Farc y Piedad están en guerra total. Ella acusa a Lozada de haberse robado el oro que las Farc tenían que entregarle al Estado y lo responsabiliza de unos disparos que recibió su carro en un incidente que tuvo lugar hace dos meses. Las Farc niegan que fue por presión de Piedad que confesaron.