El 23 de febrero de 2019 Gerardo Bedoya empezó a forjar su carrera como director técnico asumiendo en propiedad como entrenador de Independiente Santa Fe, luego de que el uruguayo Guillermo Sanguinetti dejara a los cardenales después de casi siete meses de comandarlo, lograr los cuartos de final de la Liga II-2018 y salir de la pelea en semifinales de la Copa Sudamericana.
La crisis con Sanguinetti se desató corridas cuatro fechas en la Liga Águila I-2019, tras sumar 2 puntos de 12 posibles. “Santa Fe y el profesor Sanguinetti, de común acuerdo, decidieron terminar el contrato de manera anticipada”, desde ese momento Gerardo Bedoya asumió como técnico interino.
Desde entonces, la Junta Directiva de Santa Fe designó provisionalmente para la dirección técnica del plantel profesional a Gerardo Bedoya y como asistente al profesor Grigori Méndez, quien estaba como asistente de la selección Colombia Sub-20.
Un partido contra Bogotá F.C. por Copa Águila y uno contra Patriotas Boyacá en la primera división del fútbol colombiano, logrando una victoria y un empate, respectivamente, y las experiencias que tenía desde 2017 con las divisiones del club bogotano bastaron para cambiar la I de interino por la E de encargado. Su equipo lo complementaron Mauricio Rodríguez, preparador físico, y Leider Preciado, entrenador de delanteros.
El primer partido que dirigió como director técnico en propiedad de Santa Fe en 2019 fue contra el Junior de Barranquilla en El Campín, por la fecha 6 de la Liga Águila. Tomó al equipo con dos puntos. Dirigió 23 juegos, ganó 4, empató 13, perdió 6, su equipo anotó 32 goles y recibió 31.
Su semestre no fue el mejor y se despidió del cardenal regresando a las divisiones inferiores, enfocándose en su participación en los medios de comunicación y sus estudios como técnico.
“Gracias a todos por el apoyo. Tuvimos un semestre muy duro donde lloramos, donde nos trataron mal, se reían de nosotros etc., pero siempre tendremos nuevos retos. Esta institución es muy grande para maltratarla por algunos malos resultados, recuerden después de la tempestad viene la calma, nada es eterno. Pronto independiente Santa Fe volverá con su león a rugir. No se sientan mal por momentos en los que se gana o se pierde, esto es simplemente es fútbol. Un abrazo a todos y recuerden escuchar a mi hija para que sepan que esto no lo deben de dejar de hacer nunca, ni en los peores momentos. Dios los bendiga, hasta pronto gran hinchada”, se despidió con un emotivo video en sus redes sociales oficiales.
Hasta entonces, Gerardo Bedoya no había vuelto a la raya y 2022 lo arrancó con su regreso como timonel en el Valledupar F.C. Así se anunció el lunes 3 de enero. “A los medios de comunicación, periodistas, opinión pública, hinchas y aficionados en general, que el nuevo cuerpo técnico de Valledupar F.C. estará en cabeza de Gerardo Bedoya, acompañado de Luis Asprilla como Asistente técnico y el profesor Duwan Neira como Preparador Físico”, dice la misiva asegurando que este mismo 4 de enero inicia la pretemporada el equipo de la B del fútbol colombiano.
El equipo enfrentará en la primera fecha el próximo 22 de enero a Orsomarso de local, en la segunda fecha descansará y en la tercera visitará a Deportes Quindío el 5 de febrero.