Durante siete años Jennifer Aniston sostuvo una relación con quien en su época era catalogado como uno de los hombres más atractivos de Hollywood, el actor Brad Pitt. Su relación era una de las más seguidas por los tabloides de entretenimiento en Estados Unidos, pero en 2005 la que parecía una de las relaciones más bellas y estables de Hollywood se divorció.
Tras la ruptura, empezaron los rumores de una posible relación entre el galán de Hollywood y la actriz Angelina Jolie, romance que habría comenzado durante el rodaje de la película El Sr. y la Sra Smith y sería esta la razón del divorcio con Aniston, situación que el actor negó, adjudicando que el divorcio se había dado porque no estaba llevando una vida interesante al lado de la actriz y él quería vivir intensamente.
Poco tiempo después los rumores fueron confirmados y tras seis meses de su divorcio Brad Pitt y Angelina fueron visto en una playa en Kenia, junto con Maddox, el hijo de Jolie. En junio de ese mismo año confirmaron que estaban juntos, situación que dio por sentado que Jolie había sido la causa del divorcio entre Brad Pitt y Jennifer Aniston.
Después de la noticia, el 11 de enero de 2006, Angelina Jolie anunció que estaba embarazada del actor. Antes de que Jolie notificara los rumores de su embarazo, Aniston dio una entrevista en Vanity Fair en donde la presentadora le preguntó sobre los rumores del primer hijo de “brangelina”, como fue llamada la que se convirtió en la pareja más asediada en Hollywood. Tras la pregunta, Jennifer no pudo aguantar y rompió en llanto.
En la misma entrevista, Aniston dijo que le habían chocado las fotografías en donde se veía a Pitt y Jolie, junto al pequeño Maddox en una playa en Kenia. Aseguró que en ese momento, al ver las fotos, había sentido enfado, dolor y vergüenza, y aunque no dijo nada exacto sobre el embarazo de Angelina Jolie, sí aseguro que siempre amaría a Brad Pitt.
Después de su divorcio Jennifer ha tenido una exitosa vida profesional, pero lo mismo no le ha sucedido en el amor. En 2005, y tras su divorcio con Brad Pitt, sostuvo una relación con el actor Vince Vaughn, con quien se conoció tras protagonizar la película Viviendo con mi ex, en 2005. Los actores estuvieron salieron por un año y Aniston asegura que Vaughn fue un gran apoyo tras su divorcio de Pitt.
En 2007 la actriz de Hollywood sostuvo una relación con el modelo Paul Sculfor. Fue una muy breve relación de la cual poco se registró y poca evidencia hay, pero según los rumores al poco tiempo el modelo de Jean-Paul Gaultie dejo a la actriz por otra famosa rubia de la industria cinematográfica que al parecer habría sido Cameron Díaz.
Uno de los romances más curiosos de Jennifer Aniston fue con el cantante John Mayer, 9 años menor que ella. Al parecer la relación inició tras la gala de unos premios Óscar, pero la relación de la pareja que, dicen, tenía muy poco en común, tan solo duró siete meses.
En 2009 a Jennifer Aniston se le involucró sentimentalmente con el también actor de Hollywood Gerard Butler, con quien se conoció tras la filmación de la película El cazarrecompensas. Aunque al parecer el romance tan solo perduró lo que duró el rodaje de la película, muchos se preguntaron si el romance existió o fue solo una estrategia para promocionar la película.
Su última relación y la más duradera fue con el actor Justin Theroux, romance que inició en 2011. La pareja anunció su compromiso el 12 de agosto de 2012 y se casaron el 5 de agosto de 2015, pero se divorciaron en 2018. Este sería el segundo matrimonio fallido de la actriz. El último encuentro entre Brad Pitt y Jennifer Aniston se dio en los SAG Awards, premios entregados por el sindicato de premios de los Estados Unidos. Fue un encuentro rápido, un saludo en los pasillos. Esto se dio tras el divorcio de Brad Pitt y Angelina Jolie.