El Imperio español fue un imperio urbano. España fundaba ciudades donde había recursos, ya fueran mineros o agrícolas, y estos se enlazaban con los nodos de comunicación, como lo eran los puertos. En cumplimiento de esta lógica, el mapa que resulta de la conquista es completamente diferente al derivado de la ocupación portuguesa: mientras que esta deja un país completamente costero, como es Brasil, la conquista española implicó un ejercicio de inventariar las diferentes ofertas de recursos y proceder a fundar ciudades. Cada núcleo urbano controlaba un territorio, administrado desde el cabildo, encargado de disponer de las minas, las aguas, la tierra y la mano de obra que en él se encontraban. Por ello es que la suerte de las ciudades dependía de las riquezas de las ofertas ambientales territoriales, las cuales eran administradas por medio de instituciones urbanas. En el espacio que hoy ocupa Colombia, los conquistadores fundaron numerosos centros urbanos desde los cuales ejercían su poder. Al consolidarse la ocupación inicial, hacia 1550, había ya fundados 93 núcleos urbanos, entre ciudades, villas, parroquias, lugares y pueblos de indios. De estas poblaciones iniciales, 28 estaban ubicadas a más de 2.000 metros sobre el nivel del mar: 24, entre 1.000 y 2.000 metros, en vertientes; y 41, a menos de 1.000 metros, en la llamada tierra caliente. Hacia 1600 ya se habían fundado 150 poblaciones, entre ciudades, villas y parroquias. El éxito de una ciudad dependía de los recursos naturales que controlaba, y es por ello que numerosos asentamientos evolucionaron al ritmo de la extracción de los recursos, como sucedió con las ciudades mineras, cuyos auges dependieron de las bonanzas de sus minas. Una vez agotadas las ofertas auríferas, las ciudades entraban en decadencia y languidecían. Luego de la crisis que se vivió durante el siglo XVII, es durante el siglo XVIII que se presenta la mayor intensidad de formación de nuevas poblaciones al ritmo de las amplias migraciones; en especial, desde las tierras altas de los altiplanos hacia las vertientes, que dieron forma a las colonizaciones antioqueña, santandereana, boyacense, además de la que ocupó las llanuras del Caribe, la cual poco se menciona. Como resultado de este empuje poblador, surgieron un poco más de la tercera parte de los actuales municipios colombianos, y se creó un nuevo paisaje, el de las ciudades de vertiente, que surgen desde finales del siglo XVIII y durante la siguiente centuria. En su gran mayoría, se trata de un poblamiento en las vertientes cordilleranas. Esto pudo ser posible gracias a la disponibilidad de tierras vírgenes explotables en los pisos térmicos templados y cálidos, y a la iniciativa privada de comerciantes empeñados en encontrar productos de exportación. Los poblamientos posteriores se efectuaron en los márgenes, es decir, en las vertientes cordilleranas que dan hacia los Llanos y algunos valles que descienden hacia el río Magdalena.
Las tierras bajas presentan una experiencia histórica muy diferente. Allí se establecieron economías hacendatarias de explotación extensiva de la ganadería. Con una débil urbanización, los núcleos citadinos actuaban como centros administrativos muy aislados, sin llegar a formar una red urbana integrada, de donde resulta una fragilidad de la sociedad mayor. Recordemos que durante la colonia se privilegió la utilización de los altiplanos y los valles del río Magdalena, dejando las vertientes cordilleranas, las tierras medias, sin mayor utilización, en razón a su despoblamiento y a que estaban cubiertas de bosques, cuyo desmonte requería de una mano de obra que era bastante escasa. Son la agricultura de exportación, las quinas, cuyos bosques se encuentran en la montaña, y especialmente el café los productos que van a dinamizar la ocupación de la cordillera. Las primeras haciendas cafeteras establecidas en Cundinamarca, en cercanías a La Mesa y Viotá, surgen en 1867, después del empuje cafetero santandereano. El desmonte de los bosques va a ofrecer maderas que comienzan a ser demandadas para la construcción en Bogotá. De esta manera se completa la ocupación territorial, con la integración de las tierras medias, en las que se crea un nuevo paisaje de cafetales, cañaduzales y nuevas poblaciones. Las tierras altas y las bajas mantienen sus apariencias de dos mundos independientes, pero en el fondo son dos estructuras territoriales complementarias debido a que poseen cultivos con ciclos diversos, utilizan herramientas diferentes y productos distintos. En cierta medida, el mercado que se realizaba con una frecuencia semanal en La Mesa, municipio de la vertiente cundinamarquesa, se constituía en el punto de intercambio de los productos entre estas dos territorialidades. La construcción de un nuevo paisaje rural es el resultado del cultivo del café, que transformó las vertientes cordilleranas, y junto con ella estaba surgiendo una nueva agricultura. La introducción de nuevos pastos, como el pará (1851) y el alambre de púas (1870), facilitaron la selección de razas y el inicio de la ganadería intensiva. Con estas innovaciones, la ganadería, que hasta entonces no pasaba de ser bastante rudimentaria, comenzó a transformar las llanuras caribeñas, las de los valles interandinos y luego la Orinoquia. Es este, quizá, el cambio de mayor impacto ambiental en la Colombia moderna. Surge así, desde finales del siglo XIX, una nueva agricultura, de mayor productividad, en las tierras bajas con nuevos cultivos intensivos, gracias a la progresiva mecanización, el uso de fertilizantes y la modernización de los transportes; además, nace el uso de la ganadería como el instrumento más eficiente para ocupar las tierras bajas. Resultado de ello es que el país pasó de tener un poco más de 4 millones de habitantes en 1905 a los más de 45 millones que viven hoy en Colombia (la población que tenía este país al comenzar el siglo XX era, aproximadamente, similar a la que había a la llegada de la conquista española). Pero el gran cambio está en la urbanización, pues una ciudad como Bogotá pasó de 100.000 habitantes al comenzar la pasada centuria a cerca de 8 millones que tiene hoy. Mientras que la población colombiana creció 12 veces en un siglo, la capital lo hizo 80 veces. El paso de un país rural a uno de mayoría urbana fue posible como resultado de la lucha por controlar la naturaleza y la creación de un nuevo paisaje. Por supuesto, esto va acompañado de las transformaciones profundas de nuestros ecosistemas, con unos costos que hasta ahora estamos comprendiendo.