A pocos meses de promulgarse la llamada Acta de Independencia de 1810, el virreinato de la Nueva Granada vivía en caos y anarquía por las disputas entre sus provincias sobre cómo debía ser la nueva forma de gobierno. Por una parte, había ciudades y villas que querían mayor independencia y manejar sus asuntos de gobierno y económicos de manera autónoma; por otra, los bastiones realistas hacían frente al avance del movimiento independentista. El resultado: un estado de guerra generalizado en el que realistas se enfrentaban a republicanos y estos a su vez lo hacían entre ellos mismos.
En Santa Fe de Bogotá, su élite, en cabeza de Antonio Nariño, quiso poner orden y crear un estado centralista para enfrentar a los realistas. Para ello se acordó un congreso a finales de 1810. Las élites de otras provincias, lideradas por Cartagena, rechazaron la propuesta y no asistieron. Las pocas villas, parroquias y partidos del interior se reunieron en 1811 y proclamaron la Constitución del Estado de Cundinamarca, la primera de las colonias españolas.
Al nuevo Estado pertenecieron Bosa, El Espinal, Zipaquirá, Ubaté, Bogotá, Chocontá, Ubaque, Guaduas, Tocaima, La Mesa, Ibagué y La Palma. Las provincias que no asistieron al congreso crearon las Provincias Unidas de la Nueva Granada. Los enfrentamientos entre ambos estados comenzaron hacia 1812, cuando Cundinamarca sumó a su territorio varias villas pertenecientes a las provincias de Tunja, El Socorro y Neiva.
Entre ese año y 1814 cada bando acumulaba victorias y derrotas. Mientras tanto, Cundinamarca declaró su independencia absoluta de España y Nariño emprendió una campaña por el sur de la Nueva Granada para derrotar a los realistas de Popayán y Pasto. Con dos frentes de guerra abiertos, Cundinamarca fue vencida por los ejércitos de las Provincias Unidas al mando de Simón Bolívar en el asedio a Santafé en diciembre de 1814. Meses antes, Nariño había sido capturado por fuerzas realistas. Con la victoria de los federalistas se logró la unificación del naciente estado colombiano bajo un esquema federal, que duraría hasta 1816, cuando los españoles, liderados por Pablo Morillo, reconquistaron a sangre y fuego las provincias rebeldes.
Una nueva nación
Después de la independencia definitiva, las disputas entre federalistas y centralistas estaban lejos de acabarse. Hasta la década de 1850 el país estuvo gobernado bajo un modelo de gobierno central, sin embargo, las élites de las diversas provincias que conformaban la República de la Nueva Granada (como se llamó Colombia entre 1831 y 1858) no descansaron hasta obtener mayor autonomía. Las contradicciones entre ambos sectores aumentaron y en 1857 varias provincias, entre ellas Cundinamarca, se declararon estados soberanos.
Al año siguiente, al presidente Mariano Ospina Rodríguez, un centralista conservador, no le quedó más remedio que sancionar una nueva Constitución que cambió el nombre del país a Confederación Granadina y dio inicio a casi tres décadas de federalismo. A diferencia de nuestros tiempos, el territorio de esta primera etapa del Estado de Cundinamarca era más o menos diez veces más grande que el actual. Comprendía los actuales departamentos de Huila, Tolima, Cundinamarca, Meta y Vichada.
De nuevo, las élites de los estados sentían que todavía no tenían la autonomía suficiente. La chispa de una nueva guerra civil se encendió a inicios de 1860, luego de que el gobierno central promulgara un paquete de leyes que los estados consideraron como un recorte a su autonomía. El general Tomás Cipriano de Mosquera, al mando de Cauca, se autoproclamó director supremo de la guerra y a él se le sumaron Santander, Bolívar y Magdalena. Boyacá y Cundinamarca se proclamaron defensores de la Confederación, mientras que Panamá y Antioquia permanecieron neutrales.
Le bastaron pocos meses a Mosquera para derrotar a los ejércitos de la Confederación y como presidente provisional creó el Estado Soberano de Tolima. Según distintos historiadores, con esta decisión el general caucano pagó el apoyo a los liberales de las provincias de Mariquita y Huila y de paso debilitó a Cundinamarca. Mosquera también creó el Distrito Federal de Bogotá, independiente a cualquier estado. De esta manera, Funza quedó como capital provisional de Cundinamarca y en 1863 se escogió a Zipaquirá, pero un año después Bogotá volvió a ser parte de este Estado.
Pese al triunfo de los federales, entre 1861 y 1862 se mantuvo una importante actividad guerrillera conservadora en Cundinamarca y Boyacá. Los guerrilleros asaltaban caminos, emboscaban tropas liberales y federales y se tomaban poblaciones para abastecerse. Pero a medida que se consolidaba el régimen federal estos grupos se fueron rindiendo.
En los años siguientes Cundinamarca hizo parte de los Estados Unidos de Colombia, pero hacia 1884 el régimen federalista entró en crisis, la mayoría de los cundinamarqueses lo apoyaron frente a otros estados rebeldes y a los liberales moderados y conservadores. Como de costumbre, el nuevo conflicto fue dirimido por una guerra civil en la que los liberales radicales que defendían el gobierno federal fueron derrotados. En 1885, los Estados Unidos de Colombia dejaron de existir y un año después se promulgó una nueva Constitución centralista en la que Cundinamarca y los demás estados se convirtieron en departamentos.