Entre los motivos de preocupación de Amnistía Internacional se incluyeron las ejecuciones extrajudiciales y las desapariciones llevadas a cabo por algunos sectores del Ejército colombiano y de la Policía Nacional, si bien la organización recibió muchas menos denuncias acerca de tales abusos que en años anteriores. Más de 300 casos de desapariciones anteriores a 1984 permanecieron sin resolver. Amnistía Internacional también estuvo preocupada por informaciones de torturas y malos tratos y acerca de la reclusión por cortos períodos de tiempo de presos de conciencia, principalmente pequeños agricultores indígenas, detenidos a raíz de disputas sobre tenencia de tierras.El presidente Belisario Betancur negoció una tregua con la mayoría de los grupos guerrilleros del país, que dio lugar a una reducción, tanto en el número de acciones guerrilleras, como en el de los operativos de contrainsurgencia del Ejército que pudieran afectar a la población civil. Algunas autoridades, entre las que se contó el Procurador General, adoptaron ciertas medidas para investigar casos de torturas, desapariciones y ejecuciones extrajudiciales y para someter a los responsables a la justicia.A principios de marzo se implantó el estado de sitio en los departamentos de Cauca, Caquetá, Huila y Meta luego de una serie de acciones guerrilleras de envergadura. El mismo fue hecho extensivo a todo el país el 1° de mayo, tras el asesinato del ministro de Justicia, atribuido a criminales ligados al narcotráfico. El estado de sitio, que continuaba vigente a finales de 1984, estableció la jurisdicción de los tribunales militares para ciertos delitos cometidos por civiles, pero no dio lugar a detenciones en gran escala como había ocurrido en anteriores estados de sitio. Las conversaciones secretas entre el gobierno y dirigentes guerrilleros, iniciadas en 1983, continuaron a pesar de algunas acciones guerrilleras y del estado de sitio y hacia el 30 de agosto, el gobierno había acordado ceses de fuego con la mayor parte de los grupos. Sólo el Ejército de Liberación Nacional (ELN) se negó a participar.Durante 1984 continuaron recibiéndose informaciones de ejecuciones extrajudiciales y desapariciones atribuidas a las fuerzas de contrainsurgencia del Ejército y de la Policía. Las víctimas fueron principalmente pequeños agricultores vinculados a organizaciones sindicales de izquierda, de actuación legal, y dirigentes cívicos pertenecientes a organizaciones comunitarias rurales o a partidos de oposición de izquierda.El 6 de febrero, Amnistía Internacional formuló un llamamiento para que se llevara a cabo una investigación en torno a informes de que una patrulla del Ejército, acompañada de civiles irregulares locales, había detenido y dado muerte el 12 de enero de 1984 a ocho personas en Vuelta Acuña, poblado ubicado sobre el río Magdalena cerca de Barrancabermeja, en el departamento de Santander. El coronel Faruk Yanine Diaz, comandante de la XIV Brigada, asumió posteriormente la responsabilidad por las muertes, pero alegó que los ocho eran guerrilleros que habían atacado a una patrulla militar. Sin embargo, todos los muertos habían sido aparentemente residentes de la granja donde fueron muertos a balazos. Oscar Yepes, propietario de la granja, sus empleados Jesús Muñoz y Carlos Tobón, así como Beatriz Urrego, de 15 años de edad, habrían sido muertos a tiros tras ser detenidos. Las otras cuatro víctimas, entre las que se contaba la madre de Beatriz Urrego, habrían permanecido detenidas allí durante toda la noche y al día siguiente, al retirarse los efectivos militares, fueron encontrados sus cuerpos mutilados. Se informó que unas quince viviendas en la granja de Yepes o de sus alrededores habían sido incendiadas al tiempo que se produjeron las muertes.Varios civiles que actuaron en calidad de auxiliares irregulares de la patrulla militar durante el incidente, fueron nombrados por testigos como personas conocidas localmente como miembros del "Escuadrón de la muerte" Muerte a secuestradores (MAS). A partir de 1982, los portavoces militares habían atribuido con frecuencia la muerte de presuntos subversivos al MAS, a pesar de que una investigación conducida en 1983 por el Ministerio Público había llegado a la conclusión de que el MAS existía sólo como una "mentalidad de crisis" entre algunos sectores del Ejército y de la Policía. En numerosos casos acaecidos, en 1982 y 1983, Amnistía Internacional había concluido que la atribución de los homicidios al MAS había oscurecido la responsabilidad del Ejército y de la Policía con respecto a las ejecuciones extrajudiciales. En 1983 se había informado de más de 800 ejecuciones extrajudiciales ocurridas en la región del río Magdalena, muchas de las cuales fueron atribuidas al MAS. Una comisión especial del Ministerio Público, acompañada de un juez civil, se trasladó a Vuelta Acuña, donde exhumó y examinó a cuatro de los cuerpos y encontró raciones de campaña del Ejército que habían sido abandonadas allí. El examen forense reveló indicios de torturas y de homicidios estilo ejecución. Se emitieron en consecuencia órdenes de detención bajo la acusación de homicidio contra seis civiles irregulares, tres de los cuales fueron detenidos en abril y continuaban recluidos a finales de 1984. Pese a que el tribunal civil no intentó hacer entrega de órdenes de detención contra personal regular del Ejército, la XIV Brigada recusó la jurisdicción del Tribunal civil sobre los irregulares acusados. El 10 de agosto, el Tribunal Disciplinario (la alta Corte de justicia encargada de fallar en torno a conflictos de competencia entre los Tribunales militares y civiles) decidió que los civiles deberían ser juzgados por tribunales civiles. Amnistía Internacional formuló llamamientos para que tuvieran lugar investigaciones en torno a informaciones de homicidios cometidos por fuerzas militares y policiales en Punta de Piedra, en la región de Urabá, departamento de Antioquia, que estuvo bajo control militar durante gran parte de 1983 y 1984. El comando del Batallón Voltígeros del Ejército dirigió operativos de contrainsurgencia contra las fuerzas guerrilleras del Ejército Popular de Liberación (EPL) y dirigió asimismo unidades especiales antinarcóticos de la Policía Nacional. Según informaciones, el 29 de marzo la dirigente de la Asociación Nacional de Usuarios Campesinos (ANUC) Isabel Caicedo, de 54 años de edad, fue detenida y muerta por la Policía, al igual que sus dos hijos David y Gilfredo Palacios. De acuerdo a versiones de testigos, Isabel Caicedo había sido acusada de ser un "correo" del EPL. Los vecinos de Punta de Piedra ocuparon la sede municipal en el vecino pueblo de Turbo, exigiendo una investigación en torno a las muertes y dijeron a funcionarios del Ministerio Público que la Policía antinarcóticos había sido la responsable. El 14 de abril, 11 pequeños agricultores fueron muertos y siete heridos en el curso de una incursión en Punta de Piedra. Portavoces del Ejército afirmaron que las muertes habían sido perpetradas por el EPL. Sin embargo, las pruebas a disposición de Amnistía Internacional indicaban que unos 30 hombres en uniforme de la Policía antinarcóticos habían pasado por puntos de control del Ejército en tres camiones militares, habían penetrado al poblado al amparo de la oscuridad y dado muerte a sangre fría a los pobladores con armas automáticas.Se recibieron informaciones de torturas y malos tratos a detenidos, provenientes de zonas de intensa actividad contrainsurgente y desde zonas rurales donde se produjeron detenciones relacionadas con conflictos sobre tenencia de tierras. Amnistía Internacional solicitó que se llevaran a cabo investigaciones en torno a informes de que 14 integrantes del Resguardo Indígena Lomas de Hilarco en Coyaima, Tolima, detenidos el 9 y 10 de noviembre, habían sido sometidos a malos tratos en forma sistemática y también inquirió acerca del motivo de su detención. Tres dirigentes comunitarios, Maximiliano Yara, el gobernador electo, Adolfo Paloche y el alcalde mayor del Concejo comunal Luis Loaiza, permanecian detenidos a finales de 1984 bajo la acusación de invasión de tierras. Las detenciones se produjeron en el contexto de reclamaciones de ganaderos privados sobre tierras cultivadas por la comunidad Lomas de Hilarco y en el curso de una serie de incursiones de la policía y de pistoleros quienes habrían incendiado viviendas, destruido cercados, conducido ganado a través de los cultivos, robado propiedad privada y comunitaria, herido a balazos a pobladores y amenazado de muerte a dirigentes comunitarios. Los habitantes indígenas sostuvieron que dichas tierras eran parte de los resguardos indígenas de la región, a los que la comunidad tenía derecho y que las detenciones arbitrarias y los malos tratos eran utilizados como forma de expulsar a la comunidad sin el debido proceso judicial.Si bien Amnistía Internacional no toma posición alguna acerca de disputas sobre tenencia de tierra como tales, la organización estuvo preocupada por el hecho de que tanto en ésta como en otras disputas en torno a los derechos indígenas, los miembros de estas comunidades, que estaban defendiendo legitimamente lo que según ellos eran sus derechos a la tierra, eran aparentemente detenidos en forma arbitraria y sometidos a malos tratos por fuerzas de seguridad actuando al margen de la ley. Los integrantes de las comunidades se veían enfrentados con frecuencia a desalojos violentos de tierras ocupadas por ellos y eran detenidos acusados de "invasión de tierras" antes de que los tribunales hubieran fallado al respecto de pretensiones rivales en torno a la propiedad. En ciertos casos, las medidas adoptadas para forzar a las comunidades indígenas a abandonar las tierras ocupadas por ellos concluyeron en homicidios que podrian haber sido ejecuciones extrajudiciales.Un grueso contingente de la Policía Nacional se hizo presente el 25 de enero para desalojar a unos 300 comuneros del resguardo indígena de los Páez, en Corinto, Cauca, de tierras en el fundo "López Adentro", que ellos sostenían eran propiedad del resguardo. La Policía abrió fuego cuando se negaron a desalojar, informándose que cuatro comuneros habrían resultado muertos y 18 heridos. Más tarde se detuvo a 14 personas acusándoselas de invasión de tierras, aunque un Juez civil ordenó su puesta en libertad el 2 de febrero.El 15 de febrero, Amnistía Internacional solicitó a las autoridades la realización de una investigacion completa y recibió en los meses posteriores respuestas detalladas provenientes de la oficina del presidente Betancur, incluyendo copias de expedientes de audiencias disciplinarias por abuso de autoridad. El teniente coronel que dirigió la operación fue multado con ocho días de paga por haber dirigido el desalojo sin la necesaria orden de las autoridades judiciales civiles. La audiencia disciplinaria falló que las detenciones y desalojos habían sido arbitrarios: el "desalojo de unos indígenas, de tierras que por tradición consideran propias", no podía ser dispuesto por la mera presunción de "invasion de tierras", debido a que "...no son bastantes la presentación de la denuncia de la querella, pues los problemas de tierra no son tan simples, como lo es por ejemplo la acción de un carterista, en donde la flagrancia es evidente". Los expedientes también señalaban una investigación paralela en el marco del sistema judicial militar, en torno a si los policías deberían ser procesados por homicidios e inflicción de heridas, pero indicaban que el Tribunal responsable no había proseguido seriamente la investigación, debido a la "escasez de personal". Homicidios posteriores acontecidos en la misma zona, tambien bajo jurisdicción militar, fueron tratados por estos Tribunales con similar inercia, pese a los esfuerzos de las autoridades civiles por asegurar su investigación. El 8 de julio, Misael Conda, hijo del gobernador electo del resguardo de Corinto, habría sido detenido por miembros de la Tercera Brigada del Ejército, aunque portavoces militares negaron que personal del Ejército hubiera estado implicado en el hecho. Alrededor de una semana más tarde su cuerpo fue localizado en unos cañaverales cerca de Corinto y, según informaciones, presentaba una herida de bala en la cabeza. Las conclusiones de la investigación llevada a cabo por el Ministerio Público de Cauca acerca del homicidio de Misael Conda, que fueron también puestas a disposición de Amnistía Internacional, mostraron que el Tribunal civil responsable del caso hizo todos los esfuerzos posibles para atenerse a las normas autopsiales apropiadas y para comprobar si existían pruebas de responsabilidad penal por el crimen. No obstante, no hubo indicio alguno de que se hubieran estudiado las denuncias de responsabilidad militar y no se demostró que se hubiera progresado en la identificación de los asesinos de Misael Conda. Homicidios similares de dirigentes indígenas siguieron siendo denunciados durante 1984 en la misma zona. Entre las víctimas se contaron el padre Alvaro Ulcué, sacerdote católico dirigente de Páez, quien había estado estrechamente vinculado al resguardo de Corinto y a sus reclamos con respecto a parte de la hacienda "López Adentro". El 9 de noviembre, más de 100 familias indígenas que habían retornado a "López Adentro", luego de los incidentes del 25 de enero (y que durante diez meses habían estado allí cultivando la tierra) fueron desalojados por la Policía Nacional de Corinto y de Santander de Quilichao. En el curso del operativo se incendiaron viviendas y se destruyeron cultivos. El 10 de noviembre el padre Ulcué fue asesinado en la vía pública en Santander de Quilichao.El Procurador General criticó públicamente la doctrina jurídica por la cual los Tribunales militares mantenian jurisdicción absoluta sobre abusos cometidos por personal militar y policial basándose en que dichos abusos eran cometidos en cumplimiento del deber. En un comunicado de prensa emitido el 11 de diciembre, afirmó que ninguno de los funcionarios acusados por el Ministerio Público en 1983 y 1984 en relación con ejecuciones extrajudiciales y desapariciones había sido procesado. Refiriéndose a los casos mas recientes, expresó que 16 oficiales y subalternos de la división de inteligencia de la Policía Nacional (F-2 habían sido acusados de la desaparición de 11 personas en 1982, pero que el 21 de noviembre se habían suspendido todas las actuaciones cuando los casos fueron pasados a los Tribunales militares. El Procurador General concluyó diciendo que "el país no ha tomado en serio la defensa de los derechos humanos".