En los momentos cruciales del trámite de la ley de procedimiento de la Jurisdicción Especial para la Paz, el presidente electo hizo públicos sus dos reparos. Uno, que la Corte Constitucional se pronuncie sobre si podría existir un eventual vicio de trámite. Y dos, que el Gobierno Nacional escuche las peticiones que tiene la bancada del Centro Democrático. El primer pero de Duque fue resuelto pocas horas después de su pronunciamiento por la Corte Constitucional, que le contestó al presidente electo que puede continuar con el trámite de la ley de procedimiento. Ello en razón a que no consideran que exista una correlación entre el examen de constitucionalidad que están haciendo a la ley estatutaria de la JEP con la ley ordinaria de procedimiento. Palabras más palabras menos, consideran que van por separado y no tienen correlación o dependencia entre sí.Con este aspecto resuelto, el presidente electo se reunió con la presidenta de la Jurisdicción Especial para la Paz, Patricia Linares. Al término del encuentro, Duque insistió en su mensaje al Gobierno nacional para que escuche a la bancada del Centro Democrático y tenga en cuenta sus reparos sobre el trámite del proyecto de ley de procedimiento."Espero que esta semana, una vez se conoció pronunciamiento de la Corte Constitucional, el Gobierno nacional pueda facilitar escuchar algunas de las proposiciones y busque un acuerdo para que estas reglas de procedimiento satisfagan los derechos, sobre todo para las víctimas", dijo Duque.
Al término de una reunión de la subcomisión del Congreso, el ministro del Interior, Guillermo Rivera, aseguró se llegó a un acuerdo sobre 24 proposiciones presentadas por el Centro Democrático, sin embargo, especificó que no hubo humo blanco sobre la postura de la bancada a congelar la comparecencia de las Fuerzas Militares en la JEP. La propuesta que presentó la senadora Paloma Valencia en este último tema fue la siguiente: "Artículo 9: Se decreta una ampliación del plazo para el sometimiento a la JEP a los miembros de las Fuerzas Armadas de Colombia, mientras el Gobierno Nacional y el Congreso reglamentan el procedimiento para su juzgamiento. Hasta tanto exista dicho procedimiento los miembros de las Fuerzas Armadas no estarán obligados a comparecer, sin perjuicio a que puedan acceder al tratamiento especial previsto en el Acto Legislativo 01 del 2017, la Ley 1820 del 2016 y el decreto de Ley 706 del 2017. Mientras mantangan su compromiso de comparecer a la JEP podrán mantener las medidas provisionales decretadas a su favor, antes de la entrada en vigencia de esta ley y podrán, igualmente solicitarlas y les serán concedidas de conformidad con los requisitos vigentes". Esta propuesta fue descartada por el ministro del Interior, quien explicó que la comparecencia de los militares a la Jurisdicción Especial es obligatoria y que contrariar esta disposición traería consecuencias de constitucionalidad. Horas antes de presentar esta propuesta, la senadora Valencia había asegurado en una entrevista con La W Radio, que promoverían la creación de una sala especializada dentro de la JEP que se dedicara exclusivamente a los casos de los militares, pasando incluso por una nueva selección de jueces a cargo de estos casos. Gobierno y expertos le han dicho al Centro Democrático que introducir este cambio no es viable a través de una ley ordinaria sino de una reforma constitucional, que tardaría por lo menos 16 meses en el Congreso. Sin contar con que les tocaría cambiar el blindaje jurídico de los acuerdos de paz, que obligan a que los próximos tres gobiernos respeten las reglas contenidas en el Acto Legislativo 01 del 2017, que creó la Jurisdicción Especial para la Paz. Al final del día, Duque en su declaración no precisó si lo relacionado con el juzgamiento de militares es un inamovible. Sin embargo, las posturas de la bancada llevaron a la renuncia de Armando Benedetti como ponente y a que por lo menos, por ahora, no se pueda cantar un acuerdo entre el gobierno y la oposición para llevar a la Plenaria del Senado el procedimiento de la Jurisdicción Especial.