El 19 de octubre de 2006 ocurrió uno de los atentados más graves en la historia del país cometido por la entonces guerrilla de las Farc. La Escuela Superior de Guerra, ubicada en el norte de Bogotá, fue blanco de un carro bomba que dejó 14 militares heridos y millonarias pérdidas materiales. Para la Jurisdicción Especial para la Paz, JEP, este hecho fue un acto de guerra, les quitó la calidad de víctimas a la escuela y los uniformados que resultaron heridos y admitió a Marilú Rodríguez Baquero, conocida como la Mata Hari, quien jugó un papel fundamental en la planeación del atentado. Según la sala, el atentado a la Escuela Superior de Guerra fue “un acto de guerra amnistiable” puesto que se “presentó en el marco del conflicto armado colombiano, antes del 1 de diciembre de 2016”, fecha en la cual entró a regir el acuerdo de paz firmado entre el gobierno y la guerrilla de las Farc. La Mata Hari fue la encargada de adelantar las labores de inteligencia para facilitar el posterior estallido del carro bomba: se matriculó como estudiante para recolectar información clave y poder movilizarse libremente por las instalaciones de la Escuela Superior de Guerra. Todos estos datos le fueron entregados a la Red Urbana Antonio Nariño de las Farc para que planearan y ejecutaran el atentado. El día del atentado, una camioneta Ford Explorer modelo 1997, la cual tenía adecuada en su parte trasera un cilindro con sistema a gas y una carga explosiva de 60 kilos de amonal, ingresó a las instalaciones de ese centro de educación militar y su estallido dejó 14 militares heridos.
En 2015, Ramírez fue sentenciada a 25 años de prisión por su responsabilidad en los delitos de terrorismo, tentativa de homicidio agravado y lesiones personales agravadas. Sin embargo, la Sala de Amnistía de la JEP le otorgó el pasado 12 de febrero un beneficio especial a la guerrillera conocida con el alias de Lulú, en el marco de la firma del acuerdo de paz para quienes se hayan recorporado a la vida civil y destacó que ha colaborado de manera eficaz y precisa con la administración de justicia. En el fallo se le ordena además a la exguerillera continuar con su colaboración ante las autoridades y así responder cada una de las preguntas de las víctimas reconocidas (los civiles) en el proceso y los demás intervinientes. El fallo generó diferentes reacciones de miembros de las Fuerzas Militares en retiro quienes consideraron que la JEP otorga una patente de corso a los grupos armados ilegales para cometer atentados terroristas, "ya que simplemente van a ser considerados como actos de guerra a pesar de la jurisprudencia existente a nivel internacional". El Coronel (r), José Espejo experto en derecho de conflictos armados le dijo a SEMANA que la decisión es "un exabrupto jurídico porque en la guerra no todo está permitido. Hay armas que no son aceptadas dentro del conflicto armado. El terrorismo está proscrito por una serie de tratados internacionales como la Convención Interamericana contra el Terrorismo y del propio Estatuto de Roma que dió vía a la Corte Penal Internacional". "El artículo 8 literal b) señala que es un crimen de guerra ii) Dirigir intencionalmente ataques contra bienes civiles, es decir, bienes que no son objetivos militares. Y en ese caso, como el de la Escuela de cadetes General Santander, son centros de estudio no una unidad de combate", explicó. Adicionalmente, consideró que se trato de un atentado indiscriminado porque "con un carro bomba no mide consecuecias, no hay control sobre la onda explosiva. Al lado de Escuela Superior de Guerra está ubicada la Universidad Militar Nueva Granada, otro centro de estudios. Se habria mpodido causar un gran número de muertos y uno mayor de heridos".
Por su parte, el coronel Armando Pintor, quien resultó herido en el atentado, dijo en BLU Radio que calificarlo como acto de guerra deja mucho que pensar porque no saben qué pasará con los demás miembros de la fuerza pública que resultaron afectados durante el conflicto. “Usaron un arma que no tenía ningún control. Tanto así, que cuando el carro bomba explotó, una pipa de gas quedó incrustada en el cuarto piso de la Universidad Militar, en un aula”, indicó. El oficial, que tiene daños en una mano, una lesión en el oído y esquirlas en un costado del cuerpo, manifestó que, de alguna forma, se siente engañado y revictimizado. “Cuando estábamos en el inicio del proceso de la JEP no reconocieron como víctimas, a los que veníamos reconocidos como tal en la justicia ordinaria. Ya en el último fallo nos retiran esa condición y nos ponen en la condición de intervinientes. Estamos en la misma condición de un perito, de un fotógrafo”, manifestó.