El aterrizaje de Cristina Lombana en la Sala de Instrucción de la Corte Suprema fue accidentado por su doble rol de magistrada y militar activa. Cuando su nombre salió entre los seleccionados a ocupar la nueva sala para investigar aforados, no era un secreto que Lombana había hecho su carrera en la Justicia Penal Militar. De hecho, cuatro días antes de posesionarse, ella pidió una comisión al Ejército para conservar los derechos de carrera, con lo que continuó siendo miembro activa sin que nadie opusiera resistencia.  El lío surgió cuando a la magistrada le cayó por reparto la investigación al senador y expresidente Álvaro Uribe Vélez por presunta manipulación de testigos. Las críticas de la opinión pública y una recusación del senador Iván Cepeda llevaron a que los colegas de Lombana decidieran apartarla del caso. Consideraron que la recusación prosperaba porque ser activa de las fuerzas era incompatible con el ejercicio de cargos en la rama judicial. En contexto: 

Estos hechos causaron revuelo en la opinión pública y más cuando la recusación desató un efecto dominó que la obligó a apartarse de otras investigaciones que llevaban el nombre de Álvaro Uribe Vélez. Lo insólito fue que la elección de Lombana terminó generando tanto ruido que sus electores -la Sala Plena de la Corte Suprema- terminaron por revisar su propia acción electoral de cara a una solicitud de revocatoria directa promovida por Gerardo Botero Zuluaga, magistrado de la Sala Laboral.  En un debate que se extendió por varios meses, los magistrados resolvieron declarar improcedente la petición de revocatoria. La discusión fue clave porque salieron a la luz argumentos que le despejarán el camino a la magistrada hacia el futuro. Lo primero es que la decisión -proyectada por el magistrado Eugenio Fernández Carlier- deja claro que Lombana no le ocultó a la Corte Suprema de Justicia ni a la Presidencia de la República su condición de juez penal militar activa. Tampoco quiso posesionarse como magistrada de la corte y seguir fungiendo en su condición de militar, al punto que solicitó comisión de servicios permanente y le fue otorgada para desempeñar la magistratura en la corte.  Esta acción fue interpretada por la corte como una evidencia de que Lombana quería actuar dentro del ordenamiento jurídico y realizó con prudencia los actos requeridos. A ello se sumó que después de perder una tutela en contra de la decisión de sus compañeros, Lombana pidió el retiro definitivo del Ejército, el 10 de junio de 2019.     Lo segundo crucial de la decisión es que los magistrados se abstuvieron de compulsar copias contra Lombana porque consideran, al igual que la Procuraduría, que debe haber razones fundadas para hacerlo. Y en este caso las verificaciones y análisis no ameritan para endilgarle responsabildad alguna.Magistrada Lombana pierde batalla para recuperar el expediente de Uribe Para llegar a esta decisión, el caso de la magistrada ha recorrido varias instancias judiciales y ha provocado el pronunciamiento de otros tribunales. Uno de los primeros en intervenir fue del Consejo de Estado en donde se falló una acción de tutela que le negaba a la magistrada recuperar el expediente de Uribe y dejaba en firme la recusación. Tanto la Procuraduría como Carlos Medellín, abogado de Lombana, plantearon que la Corte Suprema no era la competente para pronunciarse frente a una acción electoral de la misma corte. A la controversia -dicen- solo le cabían dos procedimientos: 1) una acción de nulidad ante el Consejo de Estado y 2) una investigación disciplinaria ante el Congreso, que es su juez competente, para que determine si incurrió en mala conducta por infringir el régimen de incompatibilidades. Frente a lo primero, el Consejo de Estado negó la acción de nulidad pues el término para presentar la demanda era hasta el 13 de noviembre de 2018 y el trámite se hizo ocho meses después, es decir, el 8 de julio de 2019. Respecto de lo segundo, escalar el tema al Congreso de la República como juez disciplinario competente, se podrían derivar nuevos desenlaces. No obstante, con la decisión que se acaba de proferir eximiendola de responsabilidad, difícilmente la magistrada tendrá que volver a preocuparse por perder su asiento en la Corte Suprema de Justicia.