La decisión del gobierno de Iván Duque de no aplicar el protocolo obedece a dos razones principales. La primera, argumenta Miguel Ceballos, es que ese protocolo no fue suscrito ni firmado por el gobierno del actual presidente y por lo tanto, no se le puede exigir aplicabilidad. Mientras que la segunda corresponde a un compromiso ético y político con las víctimas, donde el estado colombiano tiene la obligación de identificar y castigar a los culpables en la lucha por evitar que estos actos terroristas, como el atentado a la Escuela General Santader, se repitan.