En octubre de 1997 salió de la cárcel gracias a un tecnicismo jurídico, pero volvió a prisión hasta el año 2000, cuando cumplió tres cuartas partes de su pena e ingresó a estudiar historia en la Universidad Javeriana. Fue acusado de ser el enlace entre la campaña de Samper y los narcos y procesado por enriquecimiento ilícito. Su defensa, al igual que la de la mayoría de los implicados, aseguró que el incremento de su patrimonio se debía a que le vendió obras de arte a personas vinculadas con el cartel, entre ellas un hombre identificado como Ómar Pérez. Según él, las transacciones fueron de tapetes que había comprado en Teherán a su regreso de la embajada en Ginebra. Otra de las pruebas en su contra fue una conversación entre Alberto Giraldo y Miguel Rodríguez Orejuela en la que al parecer se referían a él como “Eduardo” y aseguraban que se reunió con el “número 1”. Durante mucho tiempo se negó a hablar y a acusar a Samper. Por el contrario dijo que las autoridades deberían haber investigado con igual severidad a las campañas anteriores en las cuales, según él ocurrieron hechos similares.