Las principales irregularidades por las que se inician estos procesos de responsabilidad fiscal tienen que ver con un uso ineficaz e ineficiente de los recursos, debido a que no fueron destinados a satisfacer las necesidades de las comunidades indígenas. Al tiempo, la Contraloría General registró que hay falta de soportes de los gastos realizados e incumplimiento de convenios que debían beneficiar los resguardos, así como incumplimiento de órdenes de servicio y ejecución parcial de proyectos. "El departamento del Amazonas, con 21 procesos, encabeza el listado de estas investigaciones, al que le siguen Nariño (con 15), Guajira (10) y Sucre (8)", explicó la entidad. Lea también: Director de la UNGRD responderá por sobrecostos en atención a la covid-19 La investigación de mayor cuantía es por $8.032 millones y tiene que ver con obras no realizadas en la Institución Educativa Kuwei, del Resguardo Wacoyo, así como la construcción, adecuación y mejoramiento de las instalaciones del internado El Tigre, ambas en Puerto Gaitán (Meta). Otros casos relevantes de irregularidades en el manejo de recursos y posible corrupción que resalta la Contraloría son: Proceso fiscal por $2.319 millones por irregularidades en la construcción de los sistemas de acueducto de las comunidades indígenas del kilómetro 11 San José, del kilómetro 6 y de San Antonio de los Lagos, en Leticia (Amazonas). Proceso fiscal por $1.499 millones por inconsistencias en contrato interadministrativo celebrado con el Cabildo Indígena Kofan de Santiago de Cali, para la construcción de plantas de tratamiento de agua potable en el municipio de Ginebra (Valle). Proceso fiscal por $1.428 millones por irregularidades en un contrato para la construcción de un sistema de almacenamiento para las comunidades indígenas de Uribia, en La Guajira.
El ente de control fiscal señaló que entre los años 2000 y 2019 "se tramitaron y terminaron 370 investigaciones fiscales (135 indagaciones preliminares y 235 procesos de responsabilidad fiscal) por $43.197 millones, por irregularidades alrededor de estos recursos". Le puede interesar: Pandemia amenaza a los pueblos indígenas con su desaparición Junto a las irregularidades que más se denuncian en la ejecución de los recursos para los indígenas también están los pagos sin el lleno de los requisitos de ley, compras con sobrecostos e incumplimiento de contratos que tenían por objeto diversos fines orientados a mejorar la calidad de vida de los resguardos.